MICROBIOTE INTESTINAL
Dernière mise à jour : 30 août
Fibromyalgie et microbiote : une piste qui devient de plus en plus sérieuse
Le microbiote intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes — principalement des bactéries, mais aussi des virus, champignons et autres micro-organismes — qui vivent dans notre système digestif.
Il participe notamment :
à la digestion ;
au métabolisme de nombreux nutriments ;
au fonctionnement du système immunitaire ;
à l’intégrité de la barrière intestinale ;
à la production de nombreux métabolites ;
et aux communications entre l’intestin et le système nerveux.
Depuis plusieurs années, les chercheurs s’intéressent à une question particulière :
le microbiote intestinal pourrait-il participer aux mécanismes de la fibromyalgie ?
Les données récentes rendent cette hypothèse de plus en plus intéressante.
Mais elles ne permettent toujours pas d’affirmer que :
« un mauvais microbiote provoque la fibromyalgie ».
L’axe intestin–cerveau
L’intestin et le cerveau communiquent en permanence.
Cette communication, souvent appelée axe intestin–cerveau, emprunte plusieurs voies :
le système nerveux, notamment le nerf vague ;
le système immunitaire ;
les hormones ;
la circulation sanguine ;
les molécules produites par les bactéries intestinales.
Le microbiote produit notamment des acides gras à chaîne courte, des dérivés des acides biliaires et des molécules issues du métabolisme du tryptophane.
Ces substances peuvent influencer le système immunitaire, le métabolisme et certaines fonctions du système nerveux.
L’Inserm souligne aujourd’hui que le microbiote et le cerveau entretiennent une communication bidirectionnelle : l’intestin peut influencer le cerveau, mais le système nerveux, le stress, les médicaments, l’alimentation ou le mode de vie peuvent également modifier le microbiote.
C’est important lorsqu’on cherche à comprendre la fibromyalgie :
une différence du microbiote peut être une cause, une conséquence ou les deux à la fois.
Les personnes atteintes de fibromyalgie ont-elles un microbiote différent ?
Plusieurs études répondent désormais : probablement oui, au moins au niveau des groupes étudiés.
Différents travaux ont retrouvé chez des personnes atteintes de fibromyalgie des différences concernant :
la présence ou l’abondance de certaines bactéries ;
certains métabolites bactériens ;
le métabolisme des acides biliaires ;
le métabolisme du tryptophane ;
la production d’acides gras à chaîne courte.
Mais les résultats ne sont pas identiques dans toutes les études.
Une revue systématique espagnole publiée en 2024 a conclu que les données disponibles soutenaient l’existence d’un lien entre microbiote intestinal et fibromyalgie, tout en soulignant le faible nombre d’études et leur grande hétérogénéité.
Une revue critique publiée en 2025 par des équipes italiennes et israéliennes arrive à une conclusion similaire : le microbiote pourrait influencer certains symptômes de la fibromyalgie via l’axe intestin–cerveau, mais l’hypothèse reste encore à confirmer.
Et une revue systématique de 2026, portant sur 11 études et 455 personnes atteintes de fibromyalgie, estime que le niveau global de preuve reste faible à modéré.
Il n’existe donc pas actuellement une « signature bactérienne de la fibromyalgie » suffisamment reproductible pour être utilisée comme test diagnostique.
Une étude importante : transférer le microbiote à des souris
En 2025, une équipe internationale a publié dans la rev
ue Neuron une expérience particulièrement importante.
Les chercheurs ont transféré le microbiote intestinal de femmes atteintes de fibromyalgie à des souris élevées sans microbiote.
Ces souris ont ensuite développé :
une hypersensibilité à la douleur ;
des modifications immunitaires ;
des changements métaboliques ;
ainsi qu’une diminution de l’innervation de la peau.
Ces phénomènes n’étaient pas retrouvés de la même manière lorsque les souris recevaient le microbiote de personnes témoins.
Lorsque les chercheurs remplaçaient ensuite ce microbiote par celui de donneurs sains, la sensibilité douloureuse diminuait chez les souris.
Cette expérience constitue une avancée importante.
Elle suggère que, dans ce modèle animal, le microbiote provenant de personnes atteintes de fibromyalgie peut participer activement à la production de phénomènes douloureux.
C’est beaucoup plus fort qu’une simple association statistique.
Mais cela reste une expérience chez la souris.
Elle ne permet pas de conclure que le microbiote est la cause de la fibromyalgie chez l’être humain.
Par quels mécanismes le microbiote pourrait-il influencer la douleur ?
Plusieurs voies sont étudiées.
Le système immunitaire
Certaines bactéries ou leurs métabolites peuvent moduler l’activité du système immunitaire.
Une modification de cet équilibre pourrait influencer les interactions neuro-immunitaires impliquées dans la douleur chronique.
Les métabolites
Les bactéries intestinales produisent de nombreuses molécules capables d’agir sur l’organisme.
Les recherches sur la fibromyalgie s’intéressent notamment :
aux acides gras à chaîne courte ;
aux acides biliaires ;
au tryptophane ;
à différents métabolites associés au glutamate.
La barrière intestinale
Certaines études explorent également une modification de la perméabilité intestinale.
Mais il faut éviter le raccourci très répandu sur Internet :
« intestin perméable = fibromyalgie ».
Cette relation n’est pas démontrée.
Le système nerveux
Les informations provenant de l’intestin peuvent également influencer le système nerveux par différentes voies, dont le nerf vague.
Les recherches tentent donc de comprendre comment microbiote, système autonome, immunité et circuits de la douleur pourraient interagir.
Et la sérotonine ?
On lit souvent que « 90 % de la sérotonine est fabriquée dans l’intestin » et que le microbiote pourrait donc directement augmenter ou diminuer la sérotonine du cerveau.
Cette explication est trop simpliste.
Une grande partie de la sérotonine de l’organisme est effectivement produite dans le système digestif.
Mais la sérotonine périphérique ne traverse pas simplement la barrière hémato-encéphalique pour aller agir dans le cerveau.
Le microbiote peut toutefois influencer différentes voies métaboliques liées notamment au tryptophane et à la signalisation sérotoninergique.
Il existe donc bien un lien biologique potentiel, mais pas sous la forme :
« plus de bonnes bactéries = plus de sérotonine dans le cerveau ».
Le syndrome de l’intestin irritable renforce-t-il cette hypothèse ?
Le syndrome de l’intestin irritable (SII) est fréquemment associé à la fibromyalgie.
Cela a renforcé l’intérêt porté à l’axe intestin–cerveau.
Mais il faut distinguer les deux affections.
Toutes les personnes atteintes de fibromyalgie n’ont pas de SII.
Et toutes les personnes atteintes de SII n’ont évidemment pas de fibromyalgie.
La présence fréquente des deux maladies pourrait toutefois refléter, chez certains patients, des mécanismes partagés concernant :
la sensibilité sensorielle ;
le système nerveux autonome ;
l’axe intestin–cerveau ;
l’immunité ;
ou la modulation de la douleur.
Peut-on traiter la fibromyalgie en modifiant le microbiote ?
C’est la grande question.
Pour l’instant : pas de manière validée.
Probiotiques et prébiotiques
Quelques petites études ont testé des probiotiques ou d’autres interventions visant le microbiote.
Les résultats sont encore trop limités et hétérogènes pour déterminer :
quelles souches seraient utiles ;
pour quels patients ;
à quelle dose ;
pendant combien de temps ;
et pour quels symptômes.
Dans ses recommandations sur la fibromyalgie publiées en 2025, la Haute Autorité de Santé estime que les mécanismes reliant microbiote et perception de la douleur doivent encore être confirmés avant d’envisager le recours aux probiotiques ou prébiotiques et qu’il n’est actuellement pas possible de statuer sur leur intérêt dans la fibromyalgie.
Et la transplantation de microbiote fécal ?
La transplantation de microbiote fécal — ou TMF — consiste à transférer du microbiote provenant d’un donneur sélectionné vers le système digestif d’un patient.
Ce n’est pas une simple prise de probiotiques.
Il s’agit d’une intervention médicale qui nécessite :
une sélection rigoureuse des donneurs ;
un dépistage infectieux ;
une préparation contrôlée ;
et un encadrement médical.
Une étude chinoise publiée en 2024 a randomisé 60 personnes atteintes de fibromyalgie entre transplantation de microbiote et traitement standard.
Quarante-cinq ont terminé l’étude.
Les chercheurs ont observé dans le groupe ayant reçu la transplantation une amélioration de plusieurs symptômes, notamment de la douleur et de la fatigue.
Mais l’étude était ouverte et sans placebo.
Les participants savaient donc quel traitement ils recevaient, ce qui limite fortement les conclusions.
Une deuxième étude chez l’être humain
L’étude publiée dans Neuron en 2025 comprenait également une petite étude ouverte chez des femmes atteintes de fibromyalgie.
Après transplantation d’un microbiote provenant de donneurs sains, les chercheurs ont observé une diminution de la douleur et une amélioration de la qualité de vie chez plusieurs participantes.
Ces résultats sont encourageants.
Mais l’étude humaine était encore petite et sans groupe placebo permettant de déterminer précisément la part de l’effet liée au microbiote lui-même.
La transplantation fécale reste donc une piste expérimentale, pas un traitement validé de la fibromyalgie.
Et en Belgique ?
La transplantation de microbiote fécal existe comme véritable procédure médicale pour certaines indications précises, notamment certaines infections intestinales récidivantes.
Cela ne signifie pas qu’elle soit proposée ou validée pour traiter la fibromyalgie.
Il ne serait donc pas approprié de rechercher une transplantation fécale en dehors d’un protocole de recherche simplement parce que l’on est atteint de fibromyalgie.
Peut-on faire analyser son microbiote ?
Les tests commerciaux de microbiote se multiplient.
Ils proposent parfois :
un « score de dysbiose » ;
une liste des bactéries manquantes ;
des recommandations alimentaires personnalisées ;
des probiotiques ou compléments adaptés au résultat.
L’analyse scientifique du microbiote est réelle et constitue un domaine de recherche très important.
Mais, pour la population générale, les tests commerciaux ne permettent pas encore d’établir un diagnostic médical individualisé fiable à partir de la composition du microbiote.
Il n’existe notamment aucun test permettant de dire :
« votre microbiote explique votre fibromyalgie ».
L’Inserm met également en garde contre la commercialisation de tests et de compléments dont l’interprétation dépasse actuellement les connaissances scientifiques disponibles.
Peut-on malgré tout prendre soin de son microbiote ?
Oui, mais sans chercher à « corriger la fibromyalgie » par une alimentation miracle.
Les recommandations générales bénéfiques pour la santé digestive restent valables :
alimentation suffisamment variée ;
légumes, fruits, légumineuses et autres sources de fibres selon la tolérance individuelle ;
activité physique adaptée ;
utilisation raisonnée des antibiotiques lorsqu’ils sont réellement nécessaires.
Certaines personnes atteintes de fibromyalgie présentent également un syndrome de l’intestin irritable ou d’autres troubles digestifs.
Dans ce cas, des adaptations alimentaires spécifiques peuvent être utiles, idéalement avec l’aide d’un professionnel.
Mais il n’existe actuellement aucun « régime du microbiote » ou régime spécifique démontré comme traitement de la fibromyalgie.
Et les aliments fermentés ou les probiotiques ne conviennent pas nécessairement à tout le monde.
Une piste particulièrement intéressante pour les sous-groupes
Comme pour les petites fibres, la dysautonomie ou certaines pistes immunitaires, il est possible que le microbiote ne joue pas exactement le même rôle chez toutes les personnes atteintes de fibromyalgie.
Certains patients présentent beaucoup de symptômes digestifs.
D’autres pratiquement aucun.
Les médicaments, l’alimentation, l’âge, le poids, l’activité physique, les infections, les antibiotiques et de nombreux autres facteurs peuvent également influencer le microbiote.
Une des grandes questions de la recherche sera donc de déterminer :
existe-t-il des sous-groupes de personnes atteintes de fibromyalgie chez lesquels le microbiote joue un rôle particulièrement important ?
À retenir
Le microbiote intestinal constitue aujourd’hui une véritable piste de recherche dans la fibromyalgie.
Les études montrent que :
certaines personnes atteintes de fibromyalgie présentent des différences de microbiote et de métabolites par rapport à des témoins ;
l’axe intestin–cerveau peut influencer le système nerveux, l’immunité et le métabolisme ;
une étude de 2025 a montré que le transfert du microbiote de personnes fibromyalgiques à des souris pouvait provoquer une hypersensibilité douloureuse et d’autres modifications biologiques ;
de petites études humaines suggèrent que modifier le microbiote pourrait influencer certains symptômes.
Ces résultats sont suffisamment importants pour considérer le microbiote comme un mécanisme potentiel, et plus simplement comme une curiosité.
Mais :
nous n’avons pas encore identifié une dysbiose unique de la fibromyalgie ;
nous ne savons pas si les modifications observées sont cause, conséquence ou mécanisme d’entretien ;
aucun test commercial du microbiote ne permet de diagnostiquer la fibromyalgie ;
l’efficacité des probiotiques et prébiotiques n’est pas établie ;
la transplantation de microbiote fécal reste expérimentale dans cette indication.
La question n’est donc probablement plus :
« Le microbiote a-t-il quelque chose à voir avec la fibromyalgie ? »
mais plutôt :
« Quel rôle joue-t-il, chez quels patients, par quels mécanismes et peut-on agir sur ces mécanismes de façon sûre et efficace ? »
Sources francophones
Inserm – Microbiote intestinal (flore intestinale) : fonctionnement du microbiote et axe intestin–cerveau.
Inserm – Microbiote : que valent vraiment les tests et les compléments alimentaires ?, 2026.
Haute Autorité de Santé – Fibromyalgie de l’adulte : conduite diagnostique et stratégie thérapeutique, 2025 : données encore insuffisantes pour statuer sur l’intérêt des probiotiques ou prébiotiques.
Sources scientifiques
Palma-Ordóñez J.F. et al. – Implication of intestinal microbiota in the etiopathogenesis of fibromyalgia: A systematic review, International Journal of Rheumatic Diseases, 2024 – Université de Séville, Espagne.
Fang H. et al. – Fecal Microbiota Transplantation Improves Clinical Symptoms of Fibromyalgia: An Open-Label, Randomized, Nonplacebo-Controlled Study, The Journal of Pain, 2024.
Cai W. et al. – The gut microbiota promotes pain in fibromyalgia, Neuron, 2025 – collaboration internationale incluant McGill University et Université Laval au Canada.
Shtrozberg S. et al. – Is the gut microbiome of importance in fibromyalgia? A critical review of emerging evidence, Clinical and Experimental Rheumatology, 2025 – équipes israéliennes et italiennes.
Altered gut microbiome in fibromyalgia: systematic review of genomic and metabolomic bacterial findings, 2026 – revue systématique de 11 études.